## script para modelo juvenil madura
j<-rep(0,10)#initialize j
m<-rep(0,10)#initialize m
s<-0.7 #surival
r<-2 # rperoduction
j[1]<-2 #initial condition
for (i in 2:10){
m[i]<-j[i-1]*s
j[i]<-m[i-1]*r
}
plot(m)
plot(j)
j[1]<-12 #initial condition
for (i in 2:10){
m[i]<-j[i-1]*s
j[i]<-m[i-1]*r
}
plot(j)
for (i in 2:10){
m[i]<-j[i-1]*s
j[i]<-m[i-1]*r
}
plot(j)
plot(j)
j[1]<-2 #initial condition
for (i in 2:10){
m[i]<-j[i-1]*s
j[i]<-m[i-1]*r
}
plot(j)
points(m,pch=2)
m[1]<-1 #initial condition
for (i in 2:10){
m[i]<-j[i-1]*s
j[i]<-m[i-1]*r
}
plot(j)
points(m,pch=2)
plot(j,ylim-c(0,8))
points(m,pch=2)
plot(j,ylim=c(0,8))
points(m,pch=2)
for (i in 2:20){
m[i]<-j[i-1]*s
j[i]<-m[i-1]*r
}
plot(j,ylim=c(0,8))
points(m,pch=2)
plot(j,ylim=c(0,20))
plot(j,ylim=c(0,30))
plot(j,ylim=c(0,35))
plot(j,ylim=c(0,40))
plot(j,ylim=c(0,45))
points(m,pch=2)
j[1]<-3 #initial condition
m[1]<-2 #initial condition
for (i in 2:20){
m[i]<-j[i-1]*s
j[i]<-m[i-1]*r
}
plot(j,ylim=c(0,45))
points(m,pch=2)
plot(j)
points(m,pch=2)
for (i in 2:100){
m[i]<-j[i-1]*s
j[i]<-m[i-1]*r
}
plot(j)
points(m,pch=2)
for (i in 2:20){
m[i]<-j[i-1]*s
j[i]<-m[i-1]*r
}
plot(j)
points(m,pch=2)
for (i in 2:20){
m[i]<-j[i-1]*s
j[i]<-m[i-1]*r
}
plot(j)
points(m,pch=2)
## script para modelo juvenil madura
j<-rep(0,10)#initialize j
m<-rep(0,10)#initialize m
s<-0.7 #surival
r<-2 # rperoduction
j[1]<-3 #initial condition
m[1]<-2 #initial condition
for (i in 2:20){
m[i]<-j[i-1]*s
j[i]<-m[i-1]*r
}
plot(j)
points(m,pch=2)
plot(j,ylab="Densidad",xlab="Generaciones")
points(m,pch=2)
png(filename="juvmad.png",with=600,height=400)
plot(j,ylab="Densidad",xlab="Generaciones")
points(m,pch=2)
dev.off()
plot(j,ylab="Densidad",xlab="Generaciones")
plot(j,ylab="Densidad",xlab="Generaciones")
points(m,pch=2)
m=matrix(c(1,1,1,0),nrow=2)
m
eigen(m)
## valores y vectores propios proporción dorada
m<-matrix(c(1,1,1,0),nrow=2,byrow = T)
eigen(m)
1-0.618
1-1.618
0-1.618
1/-0.618
-1/-0.618
eigen(m)$vectors
eigen(m)$vectors[,1]
eigen(m)$vectors[,1]*1/-0.8506508
209338+988
209338+988
#ahora una operación con paréntesis
3459*(39/9378)
3459*39/9378
(3459*39)/9378
#ahora una operación con paréntesis
3459*(39+9378)
3459*39+9378
#Para operaciones aritméticas se utilizan los
#paréntesis redondos.
###########################################
###### asignaciones #######################
###########################################
#asignación de un número entero
a<-19
###### errores
a<-error
b<-3459*39+9378
############################
#### vectores
ce<-c(12,354,20)
1:3
# extraer el segundo elemento
ce[2]
ce[1:3]
ce[1:2]
ce[2:3]
iris
ce[1:2]
#########################
###### listas nombradas ##
ls<-list(r=2.5,sp="gato",medida=c(12,35,0.5))
#extraer elmentos de una lista
ls[[1]]
ls[["sp"]]
ls$medida
######################
### matrices
vec<-c(2,4,3,9)
mat<-matrix(data=vec,nrow=2,byrow=TRUE)
mat
#extraer elmentos
mat[2,2]
mar[[2,2]]
mat[[2,2]]
#extraer renglones enteros
mat[1,]
#extraer renglones enteros
mat[2,]
#extraer columnas enteras
mat[,2]
########################
#### data frames
alt<-c(165,172,170)
pes<-c(72,78,69)
cin<-c(90,94,92)
grupo<-data.frame(altura=alt,peso=pes,cintura=cin)
## extraer una columna
grupo$peso
grupo[,3]
grupo["altura"]
mean(grupo$altura)
mean(grupo)
lapply(X=grupo,FUN=mean)
sapply(X=grupo,FUN=mean)
sapply(X=grupo,FUN=sum)
sapply(X=grupo,FUN="*")
sapply(X=grupo,FUN=sum)
sapply(X=grupo,FUN=sd)
sapply(X=grupo,FUN=var)
#puedo añadir una columna
#por ejemplo el IMC (peso/altura)
grupo$IMC<-grupo$peso/grupo$altura
grupo
#puedo añadir una columna
#por ejemplo el IMC (peso/altura^2)
grupo$IMC<-grupo$peso/grupo$altura^2
grupo
a<-b<-c<-6
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
v1<-c(2, 5, 9)
v2<-c(20, 50, 90)
v3<-c(1.2, 1.5, 1.9)
mat.col=cbind(v1,v2,v3)
class(mat.col)
vec25<-runif(n=25,min=0,max=1)
#R como calculadora
2837*(238+203)
#asignar un valor a un objeto
a<-19
b*2
#vectores
ce<-c(12,354,20)
ca<-c("a","r","m")
#extraer el segundo elemento del vector ce
ce[2]
#extraer el tercer elemento del vector ca
ca[3]
ci<-c("a",a)
ci[2]
ci[2]*2
#listas
ls<-list(r=2.5,sp="gato",medida=c(12,35,0.5))
names(ls)
#extraer el primer elemento de la lista ls
ls[[1]]
ls["r"]
ls$r
#matrices
#primero hago un vector
vec<-c(2,4,3,9)
#ahora hago la matriz
mat<-matrix(data=vec,nrow=2,byrow=T)
mat
#ahora hago la matriz
mat<-matrix(data=vec,nrow=2,byrow=FALSE)
mat
#ahora hago la matriz
mat<-matrix(vec,nrow=2)
mat
#ahora hago la matriz
mat<-matrix(vec,2)
mat
#ahora hago la matriz
mat<-matrix(data=vec,nrow=2,byrow = T)
mat
#extraer segundo renglon y segunda columna
mat[2,2]
#extraer segundo renglon
mat[2,]
#data.frame
#primero genero tres vectores
alt<-c(165,172,170)
pes<-c(72,78,69)
cin<-c(90,94,92)
#despues genero el data.frame
grupo<-data.frame(altura=alt,peso=pes,cintura=cin)
#para revisar que si es un data.frame
class(grupo)
class(ls)
class(mat)
#extraer una columna de un data.frame
grupo$peso
#extraer el tercer renglon de la columna cintura
grupo$cintura[3]
#calcular el promedio de la altura
mean(grupo$altura)
fivenum(grupo$altura)
#graficas
plot(grupo$peso,grupo$altura)
#graficas
plot(grupo$peso,grupo$altura,xlab="Peso",ylab="Altura")
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
v1<-c(-1.5,-3,-0.25,-4,5,3,4.5,3.3,134,156.3,143.2,145)
v2<-c("C","C","C","C","T1","T1","T1","T1","T2","T2","T2","T2")
v3<-c(TRUE,FALSE,FALSE,FALSE,TRUE,TRUE,FALSE,TRUE,TRUE,FALSE,TRUE,TRUE,FALSE,TRUE)
v3<-c(TRUE,FALSE,FALSE,FALSE,TRUE,TRUE,FALSE,TRUE,TRUE,FALSE,TRUE,TRUE)
exp.data<-data.frame(largo=v1,tratamiento<-v2,sano=v3)
exp.data
exp.data
exp.data<-data.frame(largo=v1,tratamiento=v2,sano=v3)
exp.data
exp.data
exp.data
class(v1)
class(v2)
class(v3)
class(exp.data)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
peso<-read.table("clipboard",header=TRUE)
boxplot(peso~tratamiento)
boxplot(peso~tratamiento,data=peso)
setwd("C:/Users/Derik/Google Drive/Investigacion/fuegos/conanp/fuegos")
list.dirs(path=".")
#1 establecer un directorio raíz
raiz<-"C:/Users/Derik/Google Drive/Investigacion/fuegos/conanp/fuegos"
setwd(raiz)
años<-list.dirs(path=".")
#quitar el primer elemento de años
años<-años[2:22]
#pegar la raiz con cada año
for (i in años) {
print(i)
}
#hago la lista de los años
años<-list.dirs(path=".",no..=TRUE)
#hago la lista de los años
años<-list.dirs(path=raiz,full.names = T)
años
años[1]
#quitar el primer elemento de años
años<-años[2:22]
for (i in años) {
print(i)
}
dir()
for (i in años) {
setwd(i)
dir()
}
for (i in años) {
setwd(i)
print(dir())
}
for (i in años) { #este for es para los años
setwd(i)
print(list.files(pattern = "burndate"))
for (j ) {
lista de los archivos tif de burndate
}
}
for (i in años) { #este for es para los años
setwd(i)
print(list.files(pattern = "burndate"))
}
#cargo los paquetes de raster
library(raster)
getwd()
tif<-raster("MCD64monthly.A2020001.Win04.006.ba_qa.tif")
plot(tif)
names(tif)
for (i in años) { #este for es para los años
setwd(i)
meses<-list.files(pattern = "burndate")
for (j in meses){ # este for es para los meses
#cargar el tif
tifmes<-raster(j)
print(names(tifmes))
}
}
#cargo los paquetes de raster
library(raster)
#1 establecer un directorio raíz
raiz<-"C:/Users/Derik/Google Drive/Investigacion/fuegos/conanp/fuegos"
#me cambio al directorio
setwd(raiz)
#hago la lista de los años
años<-list.dirs(path=raiz,full.names = T)
#quitar el primer elemento de años
años<-años[2:22]
for (i in años) { #este for es para los años
setwd(i)
meses<-list.files(pattern = "burndate")
for (j in meses){ # este for es para los meses
#cargar el tif
tifmes<-raster(j)
print(names(tifmes))
}
}
#directorio donde esta el shapefile
shpfile<-"C:\Users\Derik\Google Drive\Investigacion\fuegos\conanp\shapefile\SHAPE_ANPS\182ANP_Geo_ITRF08_Julio04_2019.shp"
#directorio donde esta el shapefile
shpfile<-"C:/Users/Derik/Google Drive/Investigacion/fuegos/conanp/shapefile/SHAPE_ANPS/182ANP_Geo_ITRF08_Julio04_2019.shp"
#cargar paquetes
library(rgdal)
#cargar el shapefile
shp.anp<-readOGR(shpfile)
names(shp.anp)
#los campos que tiene el shapefile son
names(shp.anp)
#puedo desplegar los 182 elementos de un campo
shp.anp$NOMBRE
#puedo graficar todas las anp
plot(shp.anp)
#ahora quiero graficar solo una anp
shp.anp[1]
#ahora quiero graficar solo una anp
shp.anp[2]
#ahora quiero graficar solo una anp
shp.anp$NOMBRE[1]
#ahora quiero graficar solo una anp
shp.anp$[1,]
#ahora quiero graficar solo una anp
shp.anp[1,]
#ahora quiero graficar solo una anp
plot(shp.anp[1,])
240*44
#ahora quiero graficar solo una anp
plot(shp.anp[2,])
#ahora quiero graficar solo una anp
plot(shp.anp[3,])
#ahora quiero graficar solo una anp
plot(shp.anp[4,])
#ahora quiero graficar solo una anp
plot(shp.anp[5,])
#ahora quiero graficar solo una anp
plot(shp.anp[6,])
#puedo graficar todas las anp
plot(shp.anp)
#ahora quiero graficar solo una anp
plot(shp.anp[6,])
