Metaviromics in water bodies: past, present and future perspectives
Metavirómica en masas de agua: pasado, presente y perspectivas futuras
Metaviromics in water bodies: past, present and future perspectives
Metavirómica en masas de agua: pasado, presente y perspectivas futuras
Date
2013
Authors
Marcos López-Pérez, 0000-0002-5297-6596
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Universidad Autónoma Metropolitana. Unidad Iztapalapa
Abstract
Description
Los virus son los microorganismos más abundantes en la biosfera. Debido a su gran versatilidad para infectar a todo tipo de organismos y a su condición de parásitos intracelulares obligados, tienen efectos muy importantes en la dinámica de los ecosistemas. La identificación y análisis de las interacciones en las comunidades víricas es un trabajo complicado, debido a la dificultad intrínseca en el cultivo de estos microorganismos. Además, la carencia de secuencias de ADN conservadas entre grupos imposibilita su identificación con una tecnología del tipo ADNr, la común en la actualidad para la identificación de los organismos vivos. La metagenómica surge como una alternativa para la caracterización molecular de los virus en sus ambientes naturales, una alternativa que arroja información relevante en cuanto a la composición y estructura en dicho ambiente. En este artículo de revisión se hace un repaso del papel de los virus en los ecosistemas acuáticos, además de enfatizar en la importancia de una adecuada implementación de las técnicas de metagenómica. Finalmente, se revisan las principales herramientas informáticas para el tratamiento de los datos metagenómicos obtenidos.
Viruses are the most abundant organisms in the biosphere. Because of their versatility to infect all types of organisms and their status as obligate intracellular parasites, they have important effects on ecosystem dynamics. Identification and analysis of interactions in viral communities is a hard work, due to the inherent difficulty in culturing these microorganisms. Furthermore, the lack of conserved DNA sequences among groups precludes identification of the viruses by using rDNA technology, as the current molecular standard for the identification of living organisms. Metagenomics arises as an alternative to the molecular characterization of the virus in its natural environments, which yields information relevant to its composition and structure. In this article, we review the role of viruses in aquatic ecosystems, in addition to emphasizing the importance of proper implementation of these metagenomic techniques. Finally, we review the main tools for the treatment of the obtained metagenomic data.
Viruses are the most abundant organisms in the biosphere. Because of their versatility to infect all types of organisms and their status as obligate intracellular parasites, they have important effects on ecosystem dynamics. Identification and analysis of interactions in viral communities is a hard work, due to the inherent difficulty in culturing these microorganisms. Furthermore, the lack of conserved DNA sequences among groups precludes identification of the viruses by using rDNA technology, as the current molecular standard for the identification of living organisms. Metagenomics arises as an alternative to the molecular characterization of the virus in its natural environments, which yields information relevant to its composition and structure. In this article, we review the role of viruses in aquatic ecosystems, in addition to emphasizing the importance of proper implementation of these metagenomic techniques. Finally, we review the main tools for the treatment of the obtained metagenomic data.
Keywords
BIOLOGÍA Y QUÍMICA